中国实验动物学会自1987年成立至今，已产生了六届理事会，原卫生部钱信忠部长任首届理事会理事长。中国医学科学院、北京协和医学院医学实验动物研究所所长秦川教授为现任理事长。第六届理事会共有理事118名，常务理事42名。

第一届（1987-1992）  理事长  钱信忠

                     秘书长  方喜业

第二届（1992-1997）  理事长  卢耀增

                     秘书长  徐新来   史顺娣

第三届（1997-2004）  理事长  刘海林

                     秘书长  方喜业

第四届（2004-2008）  理事长  刘  谦

                     秘书长  秦  川

第五届（2008-2012）  理事长  刘  谦

                     秘书长  秦  川

第六届（2012-    ）  理事长  秦  川

                     秘书长  赵宏旭

    中国实验动物学会下设21个分支机构，其中包括11个工作委员会和10个专业委员会，秘书处为学会办事机构，学会挂靠在中国医学科学院、北京协和医学院医学实验动物研究所。

十一个工作委员会：

1、组织工作委员会

2、学术工作委员会

3、期刊与信息工作委员会

4、教育培训工作委员会

5、国际交流与合作工作委员会

6、科普工作委员会

7、科技服务工作委员会

十个专业委员会：

1、水生实验动物专业委员会

2、灵长类实验动物专业委员会

3、实验动物病理学专业委员会

4、农业实验动物专业委员会

5、实验动物标准化专业委员会

6、实验动物设备工程专业委员会

7、中医药实验动物专业委员会

8、实验小型猪专业委员会

9、媒介实验动物专业委员会

10、实验动物福利伦理专业委员会